Maria José Ojeda és l'autora de la tesi doctoral titulada: "Computational approaches for the characterization of the Dipeptidyl Peptidase IV inhibition: applications to drug discovery, drug design and binding site similarity" (menció internacional).

Els directors de tesi han estat els professors Gerard Pujadas, Cristina Valls i Santiago Garcia-Vallvé, i s'ha dut  a terme en el marc del programa de doctorat en Nutrició i Metabolisme.